Honeycomb to symulator biologa, gdzie akcja odbywa się głównie w samej, budowanej przez gracza bazie, którą można dekorować, wyposażać w specjalistyczny sprzęt oraz roślinność. Celem gry jest badanie flory i fauny obcej planety, przy użyciu dostępnych narzędzi, oraz powiększanie swojego laboratorium. W grze występują różne typy roślinności, a obecność pogody i pór roku determinuje sposób rozbudowy bazy. 

Element survivalu pojawia się, gdy gracz z niej wychodzi w poszukiwaniu surowców czy nowych roślin/zwierząt do badań. Gra wyróżnia się przede wszystkim możliwością użyciem kamer, dronów, przedmiotów do śledzenia zwierząt. Gracz do dyspozycji ma także wiele rodzajów sprzętu laboratoryjnego służącego analizie.